清洗消毒是消毒供应中心第二个工作流程，是紧随回收之后的工作，关于消毒供应中心回收工作流程请参阅《回收篇》。完成清洗消毒是这个环节的主要工作，具体来说，这个环节包括如下的主要工作：
（1）清洗
（2）消毒
（3）干燥
（4）保养
清洗主要是去除医疗器械、器具和物品上污物的全过程，其主要流程包括冲洗、洗涤、漂洗、终洗。主要的方法有两种，分别是机械清洗和手工清洗。一般情况下，对于大多数非精密类器具可使用器械清洗方式进行，对于精密类器具或没有机械清洗设备的可采用手工清洗方式。
到清洗这个环节时，医疗器械、器具和物品经过了回收的分类，形成了一类类的器械，与其他环节中的器械包形成了分离，这时候在整个综合信息管理系统中其信息以具体的篮框、器械物品名称、消毒液及核查人员存在，与其他环节的器械包形成鲜明的对比，在应用综合信息管理系统的时候，在这个环节完成单件物品的追溯是比较困难的，不能很好的形成器械与器械包之间对应关系。要在信息系统中完成单件物品的追溯，则需要给单件器械物品设定标识，比较良好的方式是喷绘激光二维码或者由器械物品生产商植入RFID标签。
清洗后的器械、器具和物品需要进行消毒处理，主要的方式有机器热力消毒，也可以使用75%乙醇、酸性氧化电位水或者使用消毒液进行消毒。在信息管理系统中，需要对于消毒方式，消毒使用的消耗进行记录，以方便以后进行成本核算。
消毒完毕的器械、器具和物品需要进行干燥处理，不能使用自然晾干的方式，一般采用机器烘干方式或者使用压力气枪加95%乙醇进行处理，然后配合以消毒的擦布进行干燥处理。
器械、器具和物品需要进行保养和检查，一方面可以延长其使用生命周期，另一方面也是对之前环节工作的检查，对于不合格有污物的，有锈迹的等需要重新进行清洗消毒操作。
完成清洗消毒操作给下一环节的器械包包装提供了保证的器械，虽然不能有效的针对散乱的器械与器械包之间形成对应关系，但通过信息管理系统应能够统计出器械、器具和物品的类别及对应的数目，可以为器械包装提供支撑的数据。
清洗消毒主要存在的信息包括，清洗器械、器具和物品的种类，品名，清洗所用的篮框，清洗消毒人及检查人，清洗时间，清洗方式，消毒液品名，用量等。
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