包装是消毒供应中心第三个工作流程，是紧随着清洗之后的工作，包装主要的工作是按计划完成器械包的包装工作，通常在医院的通俗的称为配包打包，说白了就是按照器械包的组成，选用包装材质将其包装起来，最终以供临床科室使用。从其工作内容我们可以看到比较重要的信息包括：
（1）包装的计划来源
（2）操作人员的信息来源
（3）包装材质对于管理的影响
（4）器械包的标识的建立
（5）器械包的组成
建立消毒供应中心综合信息管理系统在包装阶段的工作就是要合理的管理上述五个部分的内容，具体的工作就是根据包装计划建立器械包标识、组成、时间及操作工作人员信息，按照不同的包装材质对于有效期的影响进行管理，在计算机辅助下建立图文并茂的器械及器械包相关信息，提高该阶段工作效率。
包装计划来源主要有两方面，一方面为当天回收期间回收的器械包数量，一般情况下会在回收完毕后按照回收数量进行包装，另一方面来自科室的请领，科室人员可依据需求在管理系统中直接填写器械包请领单，这两方面构成当天器械包包装计划。在大多数医院中，根据回收期间数目包装是按照科室基数来进行统一管理的，建立科室小库存下的器械包基数，每日按照其基数进行补充。
操作人员的信息主要根据工作岗位建立配包人员角色及打包人员角色，可为相应人员制作人员标识卡，配合以自动识读设备提高工作效率，可采用条形码人员工作卡或RFID人员工作卡，配合以对应的条码扫描设备及RFID识读设备，操作人员信息在该阶段中会体现其工作量的记录，从而形成工作绩效考核的一方面数据。
包装材质的不同会影响器械包的有效期，同时也会影响到整个部门的核算，对于可重复使用的包装材质及一次性包装材质其核算成本是不同的，需要针对包装材质建立数据字典及统计其使用消耗，最终纳入成本核算。
确定包装的计划后，按照包装计划和操作人员的安排，为器械包生成标识，用于整个流程的追溯，标识需具有唯一性，比较常见的可采用条形码（一维、二维）或者使用RFID标签，条形码为一次性使用，一个周期下来后在回收后抛弃。RFID标签可重复多次使用。两种标识各有优缺，条形码除了能生成机器快速识读信息同时也能生成视觉识读信息，具有良好的阅读性，不好的一方面是相关材质损耗也是不少的，RFID标签虽然能够重复使用，但是其视觉识读方面不是很好，另一方面目前没有很好的能够非常便捷的跟器械包捆绑在一起的方式。
信息管理系统配合以声音提示，每完成一个器械包的包装，扫描器械包标识，以确保按照计划完成包装，有遗漏则进行提示，在工作过程中，配合以单件器械及整体器械包的图形照片，图文并茂的完成器械包的包装工作。
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外来器械也同样包括在整个系统中，在回收环节增加外来器械的登记工作，其后按照消毒供应中心工作流程完成相应的清消灭菌发工作。
对于器械包的有效期来说，根据地域气候的不同，其有效期也具有不同的时间，这些内容在基础数据字典中都需要进行提现。
对于单品器械来讲，把它作为一类特别的器械包来进行管理能够很好的利用整个系统。
如果对于器械包定价，可进行科室之间的使用结算。
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包装完毕后将器械包整齐放入灭菌车中，并放入灭菌指示卡，等待灭菌然后存储使用，整体来讲包装还是比较简单的，在当前阶段比较推荐的是用条形码来进行器械包的标识，RFID从材质上，与器械包的捆绑方式上目前解决办法不是太好，而且无法肉眼从视觉上看到器械包的品名、有效期、灭菌时间等众多信息。
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